Das Bundesverfassungsgericht hatte die Zulässigkeit rückwirkender Gesetze eingeschränkt. Betroffen ist auch die Herabsetzung der Beteiligungsgrenze bei der Steuerpflicht für den Verkauf von Anteilen an einer GmbH oder AG im Privatvermögen. Vor Verkündung des „Steuerentlastungsgesetzes 1999/2000/2002“ waren derartige Gewinne nur steuerpflichtig, wenn der Verkäufer innerhalb der letzten 5 Jahre vor Verkauf zu mehr als 25 % an der Gesellschaft beteiligt war. Das genannte Gesetz senkte diese Grenze auf 10 %. Dies ist verfassungswidrig, soweit damit Wertsteigerungen zu versteuern waren, die nach dem früheren Recht bis zur Verkündung des Gesetzes (31.3.1999) steuerfrei hätten realisiert werden können.
Ein Erlass der Finanzverwaltung bestimmte anschließend, wie nach Verkauf von Anteilen, die Höhe des Gewinns zu ermitteln ist, der nach der Entscheidung des Bundesverfassungsgerichts in einschlägigen Fällen steuerfrei zu bleiben hat.
Ein neuer Erlass ordnet an, dass bei Einlage von GmbH-Anteilen, die von der Übergangsregelung betroffen sind, entsprechend zu verfahren ist. Wurden Anteile an einer GmbH bei einer Beteiligung zwischen 10 % und 25 % vor dem 1.4.1999 angeschafft und nach dem 31.12.1998 in ein Betriebsvermögen zu Anschaffungskosten eingelegt, ist der Wertzuwachs nach Verkauf oder Entnahme der Anteile nicht zu versteuern, der bis 31.3.1999 im Privatvermögen entstanden ist. Dieser Anteil am Gewinn ist außerhalb der Bilanz zu kürzen. Der Erlass regelt im Einzelnen, wie dieser nicht steuerpflichtige Gewinn zu ermitteln ist. Aus Vereinfachungsgründen kann die insgesamt entstandene Wertsteigerung gemäß der Besitzzeit verteilt werden.
Mit Wirkung ab 1.1.2002 ist die Beteiligungsgrenze weiter auf 1 % herabgesetzt worden, ohne besondere Übergangsregelung. In diesen Fällen ist entsprechend zu verfahren.