Nachwuchswissenschaftler können sich in Deutschland bei zahlreichen Stiftungen um Stipendien bemühen. Das Einkommensteuergesetz stellt derartige Zahlungen steuerfrei, sofern verschiedene Fördervoraussetzungen erfüllt sind (z.B.: Zahlung erfolgt aus öffentlichen Mitteln, Förderung dient der Forschung, Stipendiat wird nicht zu bestimmter Gegenleistung verpflichtet).
Ob die Voraussetzungen für eine Steuerfreiheit vorliegen, prüfen die Finanzämter des Stipendiengebers. Sie stellen den Stipendiaten auf Antrag eine Bescheinigung darüber aus, dass die Voraussetzungen für die Steuerfreiheit erfüllt sind (zur Vorlage beim Wohnsitzfinanzamt).
Die Oberfinanzdirektion Frankfurt am Main (OFD) weist in einer neuen Verfügung auf folgende Einzelaspekte hin:
Nach der Rechtsprechung des Bundesfinanzhofs können auch Stipendien von gemeinnützigen EU- bzw. EWR-Institutionen steuerfrei belassen werden. Zum Nachweis, dass diese Institutionen die deutschen gemeinnützigkeitsrechtlichen Vorgaben erfüllen, müssen deren Stipendiaten ihrem Wohnsitzfinanzamt gegenüber aber umfangreichen Nachweispflichten nachkommen. So müssen sie dem Amt beispielsweise die Satzung, den Tätigkeitsbericht, eine Aufstellung von Einnahmen und Ausgaben sowie den Kassenbericht vorlegen.
Stipendien nach dem sogenannten Heisenberg-Programm sind nicht steuerbefreit, da sie sich der Höhe nach am mittleren Einkommen eines Hochschullehrers der Besoldungsgruppe C2 orientieren und damit den Betrag übersteigen, der für Lebensunterhalt und Ausbildungsbedarf erforderlich ist. Die Einnahmen müssen vom Stipendiaten als Einkünfte aus freiberuflicher Tätigkeit versteuert werden. Gleiches gilt für sogenannte Butenandt-Stipendien der Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e. V.
Stipendien, die von der Nordrhein-Westfälischen Akademie der Wissenschaft im Rahmen des Förderprogramms „Junges Kolleg“ gewährt werden, sind steuerfrei, da sie unmittelbar aus öffentlichen Mitteln stammen, kein Entgelt für eine Gegenleistung und der Höhe nach noch angemessen sind.
EXIST-Gründerstipendien sind nicht steuerbefreit, da sie in erster Linie dazu dienen, Existenzgründungsvorhaben zu unterstützen. Sie erfüllen daher nicht den gesetzlich begünstigten Zweck der Förderung von Forschung und wissenschaftlicher Ausbildung.