Papier- und elektronische Rechnungen sind zehn Jahre aufzubewahren. Während des gesamten Aufbewahrungszeitraums müssen die Echtheit der Herkunft, die Unversehrtheit des Inhalts und die Lesbarkeit der Rechnung gewährleistet sein. Nachträgliche Änderungen sind nicht zulässig. Sollte die Rechnung auf Thermopapier ausgedruckt sein, ist sie durch einen nochmaligen Kopiervorgang auf Papier zu konservieren, das für den gesamten Aufbewahrungszeitraum lesbar ist. Dabei ist es nicht erforderlich, die ursprüngliche, auf Thermopapier ausgedruckte Rechnung aufzubewahren.
Wird eine elektronische Rechnung mit einer qualifizierten elektronischen Signatur übermittelt, ist auch die Signatur an sich als Nachweis über die Echtheit und die Unversehrtheit der Daten aufzubewahren, selbst wenn nach anderen Vorschriften die Gültigkeit dieser Nachweise bereits abgelaufen ist.
Verletzt der Unternehmer seine Aufbewahrungspflichten, kann dies als eine Ordnungswidrigkeit geahndet werden. Der Anspruch auf Vorsteuerabzug bleibt hiervon unberührt, der Unternehmer trägt nach allgemeinen Grundsätzen jedoch die objektive Feststellungslast für alle Tatsachen, die den Anspruch begründen. Verletzungen der Grundsätze ordnungsgemäßer DV-gestützter Buchführungssysteme (GoBS) und zum Datenzugriff und zur Prüfbarkeit digitaler Unterlagen (GDPdU) wirken sich nicht auf den ursprünglichen Vorsteuerabzug aus, sofern dessen Voraussetzungen nachgewiesen werden. Sind Unterlagen für den Vorsteuerabzug unvollständig oder nicht vorhanden, kann das Finanzamt die abziehbare Vorsteuer schätzen oder aus Billigkeitsgründen ganz oder teilweise anerkennen, sofern die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug vorliegen.